中興農業政策中心陳吉仲說，所謂MIT產品行銷國內外，國外(尤其是中國的農產品)農產品原料價格遠低於國內，如中國茶葉出口價格每公斤90元，台灣產地價格是450元，中國紅豆出價格是公斤28元，台灣是56元；加上自經區的各種租稅優惠，故只要自經區條例通過，食品加工業者將使用國外的農產品做為原料，此將導致國內的農產品需求減少而影響到農民的收入。
陳吉仲做一個比喻，日本清酒不是用日本稻米，而是用美國米做的，那還是日本清酒嗎？以中國為產地標示的各種食品將和國內農產品為原料的食品競爭，亦即會有真假MIT大戰，加上中國農產品品質問題，此將導致食品安全的疑慮。來自宜蘭的稻農吳佳玲說，自經區開放讓中國農產品可以直接掛上MIT，這種做法根本就是要台灣農民替中國農產品背書，政府這樣做有先問過台灣農民嗎？
