資訊不透明、漠視程序正義、缺乏社區參與、逃避民間監督下，長期以U型溝、水泥擋土牆施作，地方水利會全面主導台灣農田水圳的生態，而農委會漠視各地農田水圳水泥化的現況。
【以下文字摘自由時報報導】
農委會已經啟動農村再生計畫，要讓農村改頭換面，不過有民間團體批評，很多農村的水圳水泥化太嚴重，造成農村生態消失，而這樣的工程還繼續在進行，連被指定為歷史聚落的，屏東萬巒五溝水也不能倖免於難，令人無法接受，屏東農田水利會則表示，原本預計要做的擋土牆，並不會破壞水圳底部生態，而且由於地主反對，工程已經暫緩。
屏東萬巒五溝村，由於保留傳統歷史建築，在2008年被指定為全國第一處歷史聚落，不過19日環保團體批評，屏東水利會打算將當地的水圳水泥化，他們憂心生態景觀因此被破壞。
屏東水利會表示，凡那比風災造成水圳損壞，當時也已經與居民達成共識，以水泥工法做擋土牆，防止農田田邊，因為汛期大水沖刷流失，也並非環團所指稱的U型溝，沒有破壞水圳底部的生態環境。
至於環保團體批評，全台水圳總長7萬公里，超過一半以上已經水泥化，嚴重破壞生態，農委會水利處則表示，若採用生態工法，在輸送1公里之後，將會有一半的水滲入地下，下游的農民可能無水可用，為了維持灌溉用水的穩定供水量，才會採用水泥工法。
農委會農田水利處長 張敬昌：「你又要足量的，供應給農民生產的話，那如果說全部採用自然工法，這個在水資源的供給方面，可能還要增加非常多，所以這個其實，是有一些實質上的困難。」農委會主委 陳武雄：「水泥化不是說一定需要，他只是最低工程，施工方便，讓輸水的效率能夠提高。」
台灣地形高低落差大，不容易留住水資源，農委會說，水泥工法雖然不是最好的方式，卻可以有效保留水源，而以排水功能為主的水圳，則適合使用生態工法，兩者之間應該可以相互應用、因地制宜。
